==Богословие==
Влијанието на богословската мисла на Митрополитот Јован ги одбележа последните децении на 20 век. Неговата компилација на богословски студии „Битието како заедничарење“ издадена во 1985 година според многумина е книгата која го одбележала доцниот 20 век.
Главните теми во делата на Јован Пергамски се слободата и личноста, како човечка, така и божја. Засновајќи ја својата мисла на Кападокиските Отци и богословието на Максим Исповедник, ја дефинира својата личносна и односна онтологија во која ниту унитарноста, ниту плуарлноста немаат приоритет. Во неговата „Битието како заедничарење“ се осврнува на важноста на заедничарењето за личноста, додека во „Заедничарење и различност“ нуди комплементарна анализа на значењето на различноста во заедничарењето. На тој начин го третира древниот философски проблем на надминувањето на Едниот и Многуте, кој го гледа низ призма на Бога (Трите Ипостаси во Троица и „монархијата“ на Отецот), човечноста (богословска антропологија) и Црквата (еклисиологија). Неговата богословска мисла ја разгледува и есхатолошката онтологија која ја извлекува од делата на св. Максим Исповедник, за кого вистинската онотологија е есхатолошката, односно вистински реално е она нешто кое е реално и во есхатонот. Токму оваа тема е актуелна во неговата најнова книга „Сеќавање на иднината: Една Есхатолошка Онтологија“.
Неговата прва објавена книга била воедно и докторската дисертација на Атинскиот Универзитет (1965 г.), насловена „Евхаристија, Епископ, Црква: Единственоста на Црквата во Божествената Евхаристија и Епископатот во првите три века“, која претставува придонес и продолжение на делата на отец Николај Афансјев.
Митрополитот Јован, е една од најзначајните личности во екуменскиот дијалог меѓу Православната Црква и другите христијански традиции, и во 2006 го наследи Архиепископот Стилијан Австралиски како претседател на Православната Комисија за дијалог со Римо-Католичката Црква. Тој е исто така познат поради неговото творештво за и околу природната околина.
==Дела и студии==
==Критика==